Sedang kerajaan mencapai hampir keseluruhan sasaran Program Transformasi Ekonomi, walau bagaimanapun, terdapat beberapa sasaran yang tidak dicapai.

Berikut merupakan beberapa sasaran yang tidak berjaya dicapai.

• NKEA Minyak Sawit dan Getah – Jumlah pelaburan yang direalisasikan dalam sektor bahan terbitan oleo. Sasaran: RM500 juta. Sebenar: RM220.2 juta.
• NKEA Minyak Sawit dan Getah – Pengkomersilan biobahan api generasi kedua. Sasaran: 60 peratus penyiapan. Sebenar: 29.38 peratus.
• NKEA Greater Kuala Lumpur / Klang Valley – Program Returning Expert. Sasaran: 1,200. Sebenar: 920.
• NKEA Greater Kuala Lumpur / Klang Valley – Employment Pass (Kategori II). Sasaran: 300. Sebenar: 31.
• NKEA Minyak, Gas dan Tenaga – Pengeluaran dari Kawasan Pinggiran, bilangan telaga minyak yang telah diteroka. Sasaran: tidak diketahui. Sebenar: 18-76 peratus daripada target yang dicapai.
• NKEA Perkhidmatan Kewangan– Program pemberhentian pelaburan syarikat pelaburan berkaitan Kerajaan. Sasaran: 24 syarikat Sebenar: 15 syarikat.
• NKEA Elektrikal dan Elektronik – Melaksanakan 2 Pusat R&D Pembungkusan Moden. Sasaran: 2 Sebenar: 0.8.
• NKEA Perkhidmatan Perniagaan -- Pendapatan daripada Enjin MRO (Penyelenggaraan, pembaikkan dan operasi) . Sasaran: RM1.6 juta. Sebenar: RM750 juta.
• NKEA Kandungan dan Infrastruktur Komunikasi -- Bilangan sekolah luar bandar disambungkan sehingga 4Mbps (julat 2-4 Mbps). Sasaran: 3,978 buah sekolah. Sebenar: 1,233 buah sekolah.

Maklumat ini diperoleh dari laporan tahunan Program Transformasi Ekonomi 2012. Maklumat tersebut boleh diperoleh oleh orang ramai di laman web  Performance Management Delivery Unit (PEMANDU).